气温高的地方，苗床浇水多或土壤含水量高时，烟苗猫耳期（5-6片真叶）就明显发病，至成苗期时造成烟苗大片。但是大部分地区育苗阶段气温比较低，虽侵染但不表现症状，主要在大田烟株发病。大田发病一般在团棵期出现症状，旺长期达到发病高峰，直到成熟期病情仍可继续发展。 [4] 发生时间受地域影响较大：由于中国地大物博，各地区土壤、气候条件不同，所以青枯病在各区的发生流行时间差异很大。中国广东烟区在4月上旬或者更早就有青枯病发生，5月底至6月初进入发病高峰期；安徽、江西、湖南等烟区，发生早的可以在5月上旬被发现，进入7月以后才进入发病高峰期；广西烟区的发病初期一般在3月下旬；浙江和四川烟区的发病初期分别是6月和5月。值得一提的是，青枯病在东南烟区的福建是主要病害之一，基本上都在每年4月下旬或者5月上旬开始零星发生，由于福建省上半年降雨明显多于下半年，5-6月降雨量大，气温较高，多雨、高温年份往往会大发生、大流行。
许多重病区的老病田或旱地烟田，全田发病和绝产无收的现象每年都发生。中国广西、广东、福建等省（自治区）每年因青枯病为害导致烟叶产量、质量下降而造成的直接产值损失均可以千万元计算。而且这些烟区的青枯病又常与黑胫病、根结线虫病等根茎类病害混合发生，加重为害程度。以往，青枯病的为害区域多局限于长江流城及其以南烟区，但进入20世纪90年代后，其发病范围和为害程度都有向北方烟区扩展的趋势，如山东、河南、陕西及辽宁等省都已有该病的分布和造成为害的记载，局部烟区还相当严重。中国南方烟区在20世纪60-70年代种植冬烤烟期间，由于受温度制约，青枯病发生。但自80年代中期改植冬烤烟为春烤烟后，苗床期就偶有青枯病的为害，主要为害期仍多是出现在大田的旺长期或旺长期后。
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