辣椒枯萎病的病原为尖孢镰刀菌（学名：Fusarium oxysporum），属半知菌类、从梗孢目、瘤座孢科、镰刀菌属真菌。已报道的有2种致病专化型，即尖孢镰刀菌萎蔫专化型（学名：Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum）和尖孢镰刀菌辣椒专化型（学名：Fusarium oxysporum f. sp. capsicum）。其中，在中国引起辣椒枯萎病的病原菌主要为尖孢镰刀菌萎蔫专化型，在中国北京、广西和新疆等地有关于尖孢镰刀菌辣椒专化型引起辣椒枯萎病的报道。尖孢镰刀菌人工培养的适培养基为葡萄糖马铃薯琼脂培养基（PDA），培养初期该菌先生成1层白色絮状菌丝，后期逐渐产生紫色、红色、粉色或紫红色色素；菌丝生长后期形成产孢结构，即分生孢子梗，梗上形成瓶梗状产孢细胞，上着生分生孢子，分生孢子分为大型分生孢子和小型分生孢子。小型分生孢子卵圆形至椭圆形，少数略弯，0-1个分隔，无色，数量众多，多为团生，大小为（4.0-15）微米×（1.5-4.0）微米；大型分生孢子，无色或浅褐色，长而略弯，呈镰刀状，基部有足细胞，具2-6个横隔膜，多为3个隔膜，大小不等。该病菌的分生孢子梗或菌丝可直接转化形成厚垣孢子，顶生、间生或偶尔串生，短椭圆形或圆形，直径7.5-11.3微米，淡黄色或深褐色，壁厚且光滑。尖孢镰刀菌发育适温为25-30℃，在土温28℃左右时容易侵染发病，温度高于35℃或低于17℃均不利于其发育
该病常与沤根症状相似，属真菌病害。病菌在土壤中和病残体上过冬，一般多在3月下旬至4月上旬发病，5月进入发病盛期，其发生与气候条件关系很大。苗床低温高湿和光照不足，是引发此病的主要环境条件。育苗地土壤粘性大、易板结、通气不良致使根系生长发育受阻，也易发病。另外，根部受到地下害虫、线虫的危害后，大蒜根腐病用什么药 ，伤口多，有利病菌的侵入。在此环境下，不仅采取播种、扦插的草本花卉易受害，采取扦插、分株、压条繁殖的月季、木芙蓉、扶桑等木本花卉也易发病。
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