南京92品种根系感病指数为10，亩产鲜薯1700千克；一窝红根系感病指数为7.5，亩产鲜薯1932.5千克；而胜利百号根系感病指数为76.3，亩产鲜薯仅146.25千克。同在重病地，因品种抗病性不同，产量相差10.6-12.5倍。 [2] 连作与发病的关系：轮作病轻，连作病重，连作年限越长，土壤中的病残体税累越多，土壤带菌量也越高，发病也越重。
病菌随病株残余组织遗留在田间越冬。病菌在病残体内可以存活6年之久；在环境条件适宜时，病菌主要借雨水反溅，也可通过昆虫、农事操作等传播，从根或茎部的伤口侵入，经潜育后在植株内繁殖，并向上部蔓延扩展，破坏细胞组织，进行侵染蔓延
在中国上海及长江中下游地区，辣椒青枯病的主要发病盛期在5-10月。年度间夏季高温、闷热、高湿有利于发病；大雨或连阴雨后骤然放晴，气温迅速升高，田间湿度大，有利于病害流行；田块间连作田、低洼田、雨后积水、偏酸土壤的田块发病重；栽培上种植密度过高，偏施氮肥易发病
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