依据代谢物质的有无或多少来显示病原菌侵染植物的过程。荧光蛋白标记病原菌结合激光共聚焦扫描显微镜观察可以揭示在亲和与非亲和状况下病原菌侵染过程的组织学和细胞学特征，可以比较病原菌侵染不同抗性种质的差异或不同小种侵染同一种质的差异。但是尚不清楚孢子如何地粘附到植物表面，是被物理的或化学的信号刺激，还是孢子与植物表面存在着非常专化的相互作用，有待进一步的研究。
棉花枯萎病是由尖孢镰刀菌引起的、发生在棉花的病害。该病在苗期和成株期可表现出多种明显不同的症状，主要有纹型、黄化型、紫红型、青枯型四个典型症状。 [1] 棉花枯萎病是棉花生产中危害严重的病害之一，曾被称为棉花的“”之一。棉花枯萎病对棉株生育影响很大，在苗期即可发生，西瓜根腐病治疗方法，严重时大量死苗，造成缺株断垄。特别是在定苗以后，大量棉株发病，叶片变黄、干枯脱落、直至萎蔫枯死，导致结铃稀少，铃重减轻，同样造成棉花减产，纤维品质降低。
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