筛选育种利用组织培养结合镰孢菌酸或FOC病原菌培养滤液筛选，可获得抗病品系。该方法主要是在离体条件下进行，一般采用分生茎尖、分生类球体或愈伤组织作为材料，以一定浓度的镰孢菌酸或FOC病原菌培养滤液作为选择压，筛选耐的突变体，分化成苗后接种鉴定抗病性。该方法简化了筛选程序，缩短了选择时间，减少了人力物力的投入，甜瓜根腐病能治好吗，大大加快了育种的进程。随着香蕉胚性悬浮培养和原生质体培养的成功，利用胚性、原生质体和体细胞作为离体诱变发生体系，将会进一步提高筛选效果。采用筛选育种是比较新的技术手段，发展潜力很大。
不同生态区病原菌分离频率不同，同一生态区内病原菌分离频率在年度间、区域间存在明显差异。多雨地区往往以腐霉菌型茎基腐为主，而在干旱地区以镰刀菌型茎基腐为主。该病属于典型的土传病害，病菌在病残体组织内外、土壤中存活越冬，成为翌年主要侵染源。在田间可借风雨、灌溉水、机械和昆虫进行传播，发生多次再侵染。连作年限越长，土壤中积累病菌越多，发病重。而生茬地菌量少发病轻。一般早播和早熟品种发病重，这是因为土壤中适宜的温湿度病菌孢子易萌发，与玉米的适宜生育期相吻合，导致发病率。一般平地发病较轻，岗地和洼地发病重。土壤肥沃，有机质丰富，排灌条件良好，玉米生长健壮的发病轻，而沙质土壤瘠薄，排水条件差，玉米生长弱而发病重。春玉米茎基腐病发生于8月中旬，夏玉米则发生于9月上、中旬，麦田套种玉米的发病时间介于两者之间。究其原因，一般认为玉米散粉期至乳熟初期遇大雨，雨后暴晴，气温回升快，青枯症状出现较多。
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